История КазАТК начинается с 1956 года, когда на базе Алма-Атинского железнодорожного техникума был создан учебно-консультационный пункт заочного отделения Ташкентского института инженеров железнодорожного транспорта (ТашИИТ), в 1976 году переименованный в Алма-Атинский филиал ТашИИТа. В 1976 году в связи с назревшей острой потребностью в кадрах для железнодорожного транспорта филиал послужил основой для организации Алма-Атинского института инженеров железнодорожного транспорта.

На базе Алма-Атинского института инженеров железнодорожного транспорта и Алма-Атинского автомобильно-дорожного института Постановлением Правительства Рсепублики Казахстан от 7 мая 1996 года была создана Казахская академия транспорта и коммуникаций, который в  2000 году было присвоено имя выдающегося инженера – путейца Мухамеджана Тынышпаева.

В настоящее время КазАТК является ведущим специализированным вузом Казахстана по подготовке высококвалифицированных специалистов для транспортно-коммуникационной отрасли: железнодорожного, автомобильного, водного транспорта и коммуникаций по специальностям и  специализациям бакалавриата на базе среднего (полного) образования, а также по программе магистратура.

Академия является многопрофильным учебным заведением, осуществляющим подготовку и реализацию общеобразовательных программ, максимально увязанных с будущей практической деятельностью выпускников, имеющим развитую материально-техническую базу, высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав.

Деятельность академии направлена на решение задач, определенных Государственной программой развития образования на 2005/2010 гг. по обеспечению транспортно-коммуникационного комплекса страны высококвалифицированными специалистами.